土木工程学院的前身是结构与市政工程系，1985年9月开始招生，是深圳大学最早招收本科生的单位之一。1997年4月，学校实行学院制，由建筑系、结构与市政工程系和环境设计系合并成立建筑与土木工程学院，是深圳大学成立的第一个学院。2006年9月，应学科快速发展的需要，成立了独立的土木工程学院。
土木工程学院设有土木工程、建设管理与房地产和交通工程系，招收土木工程、工程管理、交通工程三个本科专业，其中，工程管理专业通过了国家住房和城乡建设部工程管理专业评估委员会的评估。除本科生教学外，学院拥有土木工程、管理科学与工程（工学）两个一级学科硕士点及建筑与土木工程、项目管理、物流工程三个工程硕士授权点。
学院师资力量雄厚，现有双聘院士1人，住房和城乡建设部工程管理专业学科指导委员会委员1人，住房和城乡建设部建设工程监理与项目管理战略发展专家委员会委员1人，博士生导师3人，教授15人，副教授27人，85％以上的教师具有博士学位，所有教师均来自国内外名牌大学。
学院学术气氛浓厚、科研成果喜人。广东省滨海土木工程耐久性重点实验室依托本学院建立，同时，学院还设有结构工程研究所，建设监理研究所、房地产研究中心、市政与交通研究中心、火灾与爆炸灾害研究所等科研机构。
承担了包括国家杰出青年科学基金、国家重点基础研究发展计划（973计划）课题、国家自然科学基金重大国际（地区）合作与交流项目、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目等在内的数十项纵向科研项目，开展了广泛的国际合作，获得教育部、广东省科技进步二等奖等多项奖项，取得40多项专利授权，每年承担的纵向及横向科研项目经费在全校各学院中均名列前茅。